La CCCT es una Colección que incluye cepas tipo de bacterias, levaduras y hongos filamentosos. Además, la colección cuenta con microrganismos aislados de diferentes sustratos provenientes de los diferentes biomas chilenos, tales como Los Andes, Desierto de Atacama, Territorio Antárctico Chileno, Isla de Pascua, Costa y Océano Pacífico Chileno. Estas cepas se encuentran preservadas por los métodos de liofilización y criopreservación.

La CCCT tiene como Misión aceptar depósitos de cultivos de microorganismos, preservar y proporcionar cepas de microorganismos y la información asociada a estos, con fines educativos, de investigación y producción industrial, siendo una unidad basada en el conocimiento, que trabaja a nivel mundial bajo las regulaciones nacionales e internacionales.